空气进入饮水机中，会造成二次污染，细菌会不断繁殖。一桶水喝的时间越长，细菌繁殖的数字就越惊人，从而对人体健康造成严重危害。饮水机如果长时间不清洗、不消毒，机内会繁殖大量细菌和病毒，容易使人体引发多种疾病。有调查显示，近半数的用户很少或从未对饮水机进行过清洗、消毒。可见，这是一个很大的卫生隐患.
饮水机长期使用不注意清洗消毒，饮水机的储水胆、水道、出水口就会沉积污垢，成为细菌和病毒孳生的温床；而桶装水在流通过程中也容易被二次污染，因此，不少专家建议消费者定期清洗消毒，饮水机的清洗消毒一般以夏季３个月一次，冬季半年１次为最佳.